height:100px;
高さ１００ｐｘのdiv要素です。
height:50%;
親ボックスに対し高さが５０％のdiv要素です。この場合、親ボックスに高さを指定していないので通常道理になってしまいます。
height:auto;
高さがautoで指定されるdiv要素です。